在粤港澳大湾区建设中，协同创新一直很受重视且进展较多、亮点纷呈。这种进展和亮点表现在很多方面，包括创新型园区建设、高校和研究机构共建研究中心与实验室、形式多样的城市间科技创新合作、改进科研创新人才流动机制等。其中，今年7月广东省发布的“实施《粤澳合作框架协议》2020年重点工作”更是用了很多篇幅重点介绍粤港澳科技创新合作，提到支持粤澳中医药科技合作，加快推进广深港澳科技创新走廊建设，组织实施粤澳科技联合资助计划，推进粤港澳联合实验室建设，推动大科学装置进一步向澳门创新主体开放共享，统筹宣传推广“双创”资源，做深做实大湾区青年实习计划。尤其是其第24条强调，推进粤港澳联合实验室建设。推动大科学装置进一步向澳门创新主体开放共享。发挥澳门4个国家重点实验室作用，加强在中医药、芯片、智慧城市和物联网、太空科学与深空探测等领域合作。
与此同时，《中国贸易报》记者留意到，为推进粤港澳大湾区建设和协同创新发展提供智力支持的研究机构也明显增多，粤港澳大湾区研究院就是其中一家。
“高校、科研院所、产业园合作一直在推进，还有其他一些粤港澳大湾区合作项目在开展。香港有6所高校在广东设立一些研发机构和转化基地。城市合作方面，深圳与香港之间、珠海和澳门之间都有城市合作创新园。还有一个项目是1+12+N港澳青年创业创新孵化基地，‘12’是12个示范平台，包括广东科学城、珠海横琴等。”粤港澳大湾区研究院院长申明浩在接受记者采访时介绍说，更多的协同应当在产业之间推进，例如第二产业和第三产业之间的协同，制造业与信息产业协同发展。
“未来工业互联网和数字经济协同发展是一大方向。我们看到，工业互联网在粤港澳大湾区有长足发展空间，因为这里有更完整的工业体系，工业门类比较完整，制造业较为发达，同时也是制造业终端产业最大聚集地。”申明浩说，要看到协同创新发展是开放式生态，要做好国内国际双循环，其中国际大循环在粤港澳大湾区将发挥重要作用。
在申明浩看来，粤港澳大湾区要解决人流动、钱跨境、税平衡的瓶颈。“从人流动方面看，港澳有高度国际化的人才聚集，港澳数字化经济人才的国际化程度达90%以上，远高于内地。要发挥港澳作用，将港澳高端人才引入内地、更好地匹配。好在粤港澳大湾区在科技人才流动和科技要素流动领域做了大量工作，要素高效通关也有进展，且科研人员一次签证、多次往返已部分实现。”申明浩说，在钱跨境方面，迄今已出台的政策缓解了这类问题，比如科研资金跨境流动逐渐获得突破。
但税平衡的课题有其特殊性。申明浩分析说，“税平衡也在落实，例如自贸试验区在这方面做得比较好。但大的范围内无法实施港澳那样的低税率，只是在进一步探索降低税负，这是好的趋势。”
申明浩总结说，总体上是要在创新层面更好地让一国两制、三个关税区、三个法律体系实现协调发展，“过去硬联通是我们的优势，现在关键是软联通的推进，在制度层面使交易成本降低，使要素流动的交易成本进一步下降。好在粤港澳大湾区在要素自由流动方面已有较大进步。”
